Desde hace tiempo me he encontrado con este problema, pero por pereza principalmente me limitaba a usar otro reproductor y no buscaba una solución al respecto, y al parecer es un problema más común de lo que imaginaba.

El Problema

Después de una actualización de VLC a través de los repositorios siempre que reproducía cualquier archivo fuera de audio o vídeo el audio se distorcionaba, comenzaba un eco y un poco ruido de estatica, curiosamente el problema se solucionaba después de unos minutos, pero podría ser desde uno hasta 20 minutos para que eso pasara.

La Solución

Si tienes este problema la solución es bastante sencilla, lo que tienes que hacer es acceder a las preferencias de VLC [Herramientas » Preferencias] o [CTRL+P] e irte a la pestaña de Audio, dónde pone Módulo de Salida cambia la opción Predeterminado por Salida de audio Pulseaudio ahora sólo basta reiniciar VLC y problema resuelto.