He buscado en muchas paginas algo como esto, sin respuesta. Hasta que yo lo intente por mi mismo. Esto solo funciona en ubuntu por el momento preferentemente mi versión: 12.10
Les recomiendo usar Tor de la pagina official en formato: .tar.gz link


paso 1
abrir tor

a lo que diga conectado a la red tor, abrira un navegador llamado torbrowser, lo cerramos y abrimos configuración del sistema.

paso 2
Despues de abrir las configuraciones, abres en Red


paso 3
abres proxy de la Red y configuras como sale en la imagen

Y si quieren pueden añadir el ftp con la misma configuracion del http.

paso 4
ya estaria todo listo, pero seria bueno comprobarlo. Para eso abrimos cualquier navegador y lo comprobamos con la pagina https://check.torproject.org/?lang=es-ES&small=1&uptodate=0

Si les aparece así esta bien, si no es así recarguen página.

a mi me funciona en uget, synaptic, google chrome, firefox, y muchas mas.

paso 5 (extra)
este paso es extra, ya que sirve para abarcar el resto de las aplicaciones del sistema, como: apt-get, wget, ect.
abren una terminal y colocan: