Para instalar Avidemux en nuestro sistema (Debian o derivados, Ubuntu) bastará con abrir un terminal:
sudo apt-get install avidemuxUna vez instalado, y con nuestro propósito en mente. Seguimos los siguientes pasos:
1. Abrir el vídeo en formato MKV con Avidemux. Seleccionamos safe mode si nos aparece un diálogo que lo pregunte.
2. Ahora nos dirigimos a File -> Properties y seleccionamos el codec del audio como AAC y mp4 como formato de vídeo.
3. Y bien, hacemos click en guardar, seleccionamos el fichero de destino y le ponemos extensión .mp4.