También en varios blogs está la solución para este problema, que pasa por cambiar algunas propiedades en el Editor de configuración. He visto una manera gráfica y muy sencilla que permite adaptar los botones a nuestro gusto.

Para poder utilizarla necesitamos descargar este script.

http://eftimie.ro/store/window_controls.py

Una vez descargado, hacemos click derecho sobre el archivo, vamos a Propiedades y le damos permisos de ejecución.

Solo basta hacer doble click en el archivo para ejecutarlo y poder configurar la posición de los botones a nuestro gusto.