Desde la aparición de Unity configurar el escritorio se hizo más difícil. La solución en parte se solventó con la aparición de MyUnity y Gnome Tweak Tool, pero todavía hay elementos que no se pueden configurar tan fácil.
Una de estas cosas son las aplicaciones del panel. Antes para
modificarlas sólo tenías que arrastrar y mover a tu antojo, pero esto
ahora no se puede. Bueno, se puede pero hay que realizar una solución
alternativa.Lo que tienes que hacer es abrir una terminal y escribir
sudo gedit /usr/share/indicator-application/ordering-override.keyfile
Te encontrarás con esto:

Donde aparecerá la lista de aplicaciones que se encuentran listadas y en el orden mostrado. Al lado de la aplicación aparece un número que muestra el orden de derecha a izquierda. Lo que tienes que hacer es cambiar el número y podrás cambiar el orden correspondiente. Una vez cambiado guardas y reinicia sesión. ¡Y listo!