Siempre será agradable para mí poder hablar de Cinnamon, el fork de GNOME Shell que se ha convertido en uno de mis dos escritorios favoritos junto con el que uso actualmente, LXDE.
El problema es el siguiente: estás trabajando en cualquier cosa y de repente algún programa te manda una notificación: Skype anunciando que tienes un nuevo mensaje, Thunderbird indicando la llegada de un nuevo correo, etc., y lo que hace Cinnamon es cambiar la ventana activa, pasando a primer plano ese programa que envió la notificación y ocultando la ventana con la que estabas trabajando.
Obviamente se trata de un comportamiento bastante molesto pero se puede resolver muy fácilmente:
1.- Ejecuta en una terminal el siguiente comando:
sudo gedit /usr/share/cinnamon/js/ui/windowAttentionHandler.js
2.- Aquí estoy usando Gedit pero puedes usar Nano o el editor de texto que prefieras.
Baja hasta la línea número 32 y coméntala de tal manera que quede así:
//window.activate(global.get_current_time());
3.- Ahora cierra la sesión y vuelve a entrar o reinicia la computadora.
Con esto las notificaciones de Cinnamon serán más discretas y en lugar de cambiar la ventana se limitará a mostrar un mensaje parpadeante en el panel.
Personalmente nunca tuve este problema durante el tiempo que estuve usando Cinnamon (las notificaciones aparecían como pequeñas ventanas nada intrusivas), pero en caso de que alguien lo esté experimentando espero que siguiendo los pasos anteriores consiga solucionarlo.