En este momento estoy experimentando con streaming de audio, montando un servidor propio, programas para automatización de radio y retransmisión, por ello redescubrí JACK. Esta herramienta permite modificar las conexiones de entrada y salida de audios de la PC y de las aplicaciones, es decir que uno puedo tomar la salida de audio de Totem, ponerla en la entrada de audio de algún soft de distorsión y a la salida de este conectar el grabador de audio, todo esto mientra la reproducción sale solamente por el parlante derecho. Delirios como este suelen ser necesarios, no es ni mas ni menos que los enredos de cables que comúnmente hacemos con las consolas.
En mi caso particular quería tomar el audio de una transición de Ustream y ponerla como entrada auxiliar de IDJC (Internet DJ Console) que es el software usado para la transición de audio al servidor Icecast2 (que es el que realiza el streaming público).
Para instalarlo hay que realizar el típico comando mágico en la terminal o buscar el paquete en Synaptic.
sudo apt-get install jackd qjackctl
Listo, con eso tenemos que tener instalado Jack con su interfaz gráfica. Para accder hay que entrar a Aplicaciones>Sonido y Video>JACK Control



Si le damos a Iniciar y todo queda sin dar ningún error significa que podemos seguir, sino a googlear un rato hasta lograr ponerlo en marcha. Si funcionamiento es muy simple, por ejemplo con el servidor iniciado abrimos Totem y ponemos a reproducir algo, abrimos también la grabadora se sonido y luego presionamos en el botón de Conexiones en el JACK Control.

En esta captura se ve en la partes de conexiones como la entrada de micrófono se conecta con la entrada de audio a grabar en gnome-sound-recorder, y como la reproducción del audio de Totem va a la salida de audio del sistema, en mi caso a los parlantes de la notebook.
Cambiando estas conexiones podemos lograr diferentes situaciones. Por ejemplo:

En este caso la reproducción de los dos canales de Totem van solamente a la entrada de audio de la grabadora, lo que hace que no se reprodusca por los parlantes (playback_1 y playback_2) pero si que se grabe en gnome-sound-recorder.

FUENTE: http://tuxinga.wordpress.com/2011/07/07/jack-cambiando-las-conexiones-de-audio-en-la-pc/