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Gnome Chemistry Utils

Utilidades químicas para Gnome


Suludos compañeros linuxeros de T!

Quiero mostrarles un set de aplicaciones que resulta de gran utilidad para todas aquellas personas que se dedican a actividades académicas del área de la ciencia, con especial énfasis a la química. Gnome Chemistry Utils es una de las herramientas destinadas al entorno Gnome más útiles para realizar de forma muy rápida y sencilla diversas operaciones de cálculo, visualización y edición de modelos y estructuras químicas.

A continuación les presentaré cada una de las aplicaciones que incluye el set junto con una breve descripción ilustrada de cada una.

- GChemPaint: Como su nombre lo indica es el "paint" de los químicos ya que este fabuloso programa permite editar muy fácilmente estructuras químicas moleculares en 2D con capacidades para:
- Representación de reacciones químicas con ataques electrónicos (electrófilos-nucleóficlos)
- Visualización de cargas formales, electrones no compartidos y no apareados (radicales):
- Exportar para publicación directa en el formato más utilizado para moléculas en Wikipedia.
- Representación de centros estereogénicos (quirales) mediantes enlaces entrantes y salientes.
- Visualización de orbitales atómicos.
- Inserción rápida de las moléculas más comunes de la química orgánica mediante decenas de plantillas incluidas.
- Representación en el formato sugerido por la ACS (American Chemical Society).
- Exportación a los formátos de imágenes más comunes.

Diseño del Melfalán, utilizado como agente alquilante del ADN en quimioterapia, corriendo en mi Fedora 13




- Chemical calculator: nos permite calcular muy rápidamente los pesos moleculares de cualquier molécula, su composición centésimal, así como también nos muestra el patrón isotópico de dicha molécula en función de las abundancias isotópicas relativas de cada uno de los elementos que se encuentran en el compuesto.

Acá un ejemplo de estas capacidades aplicadas a la misma molécula anterior




- GChem3D: Esta simple herramienta es un visualizador tridimensional de moléculas que soporta los formatos de archivos más usuales para la representación de moléculas.

Ya a estas alturas nos quedamos con el Melfalán , acá tres de sus visualizaciones 3D posibles en GChem3D




- Gnome Crystal: Visualizador 3D de estructuras cristalinas que soporta los formatos de archivo de datos cristalográficos mas usuales.

Basta del Melfalán, ahora les muestro la estructura cristalográfica de la fluoro-apatita (Ca5(PO4)3F),
principal mineral presente en el esmalte dental




GChemTable: y como ningún set de aplicaciones de química está completo sin una tabla periódica, acá esta este componente de Gnome Chemistry Utils. Esta aplicación permite conocer rápidamente varias de las propiedades periódicas de los elementos químicos, incluyendo, como dato curioso, el nombre del elemento químico en varios idiomas.

Vista principal de la tabla periódica




DESCARGA


Ubuntu y sus hermanos (Kubuntu, Mint, etc):
dijo:
sudo apt-get install gchempaint gcrystal
sudo apt-get install gcu-bin


Fedora:
dijo:
su -c 'yum -c install gnome-chemistry-utils'


Para otras distro's puedes intentar buscar con tu gestor de paquetes cada uno de los programas individuales, "gnome-chemistry-utils" o "gcu-bin", sino puedes descargar directamente el paquete desde la web del proyecto en:
dijo:


Ñapa

(Si, los venezolanos le decimos "ñapa" a la "yapa" de los argentinos )


Bases de datos de moléculas y estructuras:
dijo:
PubChem Project moléculas en general.
RCSB Protein Data Bank proteínas y otras biomoléculas.
American Mineralogist Crystal Structure Database Estructuras cristalográficas de minerales.
DrugBank modelos moleculares de drogas y fármacos en general.
*La totalidad de modelos moleculares y estructuras mostradas en este post fueron extraídas de alguna(s) de estas bases de datos. Cada vez que tengas alguna duda con respecto a alguna estructura química puedes recurrir a ellas.

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