Bioclipse
Bioclipse, quimio- y bio-informática en linux
Que tal, compañeros científicos linuxeros.
Quiero mostrarles este sorprendente programa que para los que han trabajado con el entorno de desarrollo integrado Eclipse les resultará algo familiar. Está dirigido a estudiantes avanzados y profesionales del área de la química y la biología y tiene capacidades simplemente ilimitadas gracias a su intérprete de JavaScript.
A continuación algunas de las características más importantes de Bioclipse ( traducido y adaptado de lo que indican los autores del proyecto):
Quimioinformática:
La capacidades quimioinformáticas de Bioclipse están basadas principalmente en el Kit de Desarrollo de Químcia (CDK, por sus siglas en inglés), y contiene una serie de librerías y programas para el manejo y análisis de compuestos químicos. Bioclipse permite la edición en 2D, el procesamiento de grandes colecciones de estas moléculas en tablas, cálculo de varios tipos de propiedades y muchas otras funcionalidades quimioinformáticas. Asimismo, la aplicación Jmol está integrada con Bioclipse haciendo posible la edición y visualización interactiva avanzada de moléculas en 3D.
Bioinformática:
dijo:La bioinformática en Bioclipse se avoca principalmente al manejo y análisis de secuencias biológicas como el ADN, ARN y proteinas. Estas capacidades descansan en gran medida sobre BioJava, el cual provee el núcleo de las funcionalidades bioinformáticas además de un editor gráfico para las alineaciones de las secuencias. También se utilizan numerosos clientes para servicios web disponibles de forma gratuita para facilitar la descarga de, por ejemplo, secuencias biológicas y anotaciones de estas, así como análisis bioinfrmaticos ya publicados.
Además, mediante la combinación de estas dos capacidades informáticas, Bioclipse resulta especialmente útil y es ampliamente utilizado por la comunidad científica para:
- La farmacología y el diseño de nuevas drogas.
- Semántica en linea en temas de ciencias de vida.
- Justificación de decisiones experimentales.
- ePublicación de datos científicos para el trabajo conjunto.
- Creación, uso y manejo de bases de datos.
- Programación y scripting.
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