Primera Opción (Compiz + Gconf-editor)
Integración con expose, transiciones fluidas. 
Los accesos directos que tengan en su escritorio desaparecen. No se eliminan, solo desaparecen. Aún pueden visualizarlos desde 'Lugares > Escritorio' (esto no sucede con AWN, desconozco con otros docks). Primero: Necesitamos tener instalado Compiz y su Administrador de Opciones. Si no lo tienen instalado vamos a hacerlo desde Synaptic (Sistema > Administración > Gestor de paquetes de Synaptic) Veamos la captura.
Los paquetes 'compiz' y 'compiz-setting-manager' son los que nos importan así que los marcamos para instalar y damos click en Aplicar.
Segundo: Iniciamos el Administrador de Opciones de CompizConfig (Sistema > Preferencias > Administrador de Opciones de CompizConfig). Vemos las opciones que nos muestra el submenú 'utilidades'. Vamos a activar y entrar a 'Fondo de Pantalla'.
Allí agregamos los wallpapers que queramos haciendo click en 'Nuevo'. (agreguen tantos wallpapers como escritorios tengan obviamente).
Tercero: Tecleamos Alt+F2 y escribimos 'gconf-editor' en la ventana que aparezca. Luego click en 'Ejecutar'.
Se abrirá el editor y entonces nos vamos hasta 'apps > nautilus > preferences' (en la barra de la izquierda) y nos aseguramos de desmarcar la casilla correspondiente a 'show desktop' como se muestra en la siguiente imagen. Cerramos el editor y listo!
Es entonces el momento de probar viendo nuestros escritorios.
Segunda opción (Wallpapoz)
En este caso vamos a instalar una aplicación llamada Wallpapoz.
Nos permite conservar todos los elementos que tengamos en nuestro escritorio (accesos directos, conky, etc) Demora un tiempo en la transición de escritorio a escritorio y si tienes activado expose, solo muestra uno. Primero: Hay que descargarlo: wallpapoz-0.4.1.tar.bz2
Segundo: en donde lo hayas descargado click derecho y seleccionar extraer aquí
Tercero: Copiar la carpeta (ya descomprimida) a nuestra carpeta personal /home/ "xxx"
Cuarto: Abrir la terminal, situarnos en /home/tu_usuario/ wallpapoz-0.4.1 y escribir o copiar:
sudo python setup.py install
te pedirá tu clave de usuario (con la que entras a ubuntu)
Cuando termine de instalar escribe esto en la terminal para ejecutar el programa
cd wallpapoz-0.4
cd src
./wallpapoz
Seguramente al instalarlo también podrás encontrarlo en el menú Aplicaciones-->Accesorios-->Wallpapoz
En las dos opciones se despliega la misma ventana
La lista de los escritorios se muestra en la columna de la izquierda.
Para renombrar el escritorio, selecciona el escritorio, click derecho y renombrar.
Para agregar fondos, selecciona el escritorio y as click en el botón agregar archivos, puedes agregar archivos e incluso carpetas.
Para configurar cada cuanto tiempo quieres que cambie el fondo, da click en el botón preferencias.
Cuando estés conforme con tus elecciones da click en guardar y después en recargar. Cierra la ventana y disfruta de tu escritorio.
Para que wallpapoz arranque al iniciar sesión:
Ve al menú Sistema --> Preferencias --> Aplicaciones al inicio
Te aparecerá una ventana con la pestaña de Programas de Inicio
Da click en el boton añadir, en nombre: wallpapoz en el campo de orden da click en examinar busca la carpeta de wallpapoz en tu carpeta personal /home/xxx, habré la carpeta, abre la subcarpeta src y selecciona daemon_wallpapoz, en el campo comentario as una descripción del programa ejem. Fondos que cambian. Da click en aceptar y listo.
Espero les sirva.